Під час стійлового утримання худоби створюються найбільші труднощі щодо збереження здоров'я тварин. 

ВЕТЕРИНАРНОЮ статистикою встановлено, що основна кількість захворювань і випадків загибелі великої рогатої худоби припадає на незаразні захворювання, котрі здебільшого є наслідком незадовільної годівлі та утримання тварин взимку. 
Згодовування доброякісних кормів, утримання в чистоті, дотримання встановленого розпорядку дня, створення належних гігієнічних умов у приміщенні є запорукою міцного здоров'я та високої продуктивності домашньої живності. Ще до переведення тварин на зимове утримання приміщення заздалегідь слід прибрати, продезінфікувати, побілити й висушити. Надмірна вологість у приміщеннях, а також нестача світла шкідливі для здоров'я тварин.
Постійна вентиляція, регулярне провітрювання забезпечать худобі чисте повітря. Не слід у таких випадках боятися певного зниження температури всередині приміщення, однак бажано уникати протягів.
Ще одна обов‘язкова умова - дотримання гігієни годівлі. Адже згодовування недоброякісних кормів може зумовити розлад травлення, отруєння і навіть призвести до загибелі тварин. А будь-яке порушення роботи органів травлення різко знижує надої корови і приріст живої маси.
Промерзлі корми (силос, коренеплоди) часто є причиною не лише розладу травлення, а й простудних захворювань. Особливо небезпечні такі корми для глибокотільних корів (можливий викидень). Згодовувати їх можна тільки після розтавання.
Уважно стежте за тим, щоб уламки дротяних тросів, за допомогою яких скиртували сіно чи солому, не потрапили до корму. Адже гострі предмети проколюють стінки передшлунків, часто проникають у серце, тварини тяжко хворіють, і їх здебільшого доводиться забивати.
Тяжкі отруєння зумовлюють згодовування зіпсованої та пророслої картоплі.
Сильний розлад травлення і навіть захворювання на мокрець може спричинити велика кількість прокислої барди. Такий корм бажано давати тваринам в обмеженій кількості, краще в суміші з грубими кормами. Усіх тварин обов'язково треба вигулювати на свіжому повітрі.
Щоб запобігти травматичним ушкодженням тварин, виступаючі частини стін, воріт повинні бути округлими. Аби уникнути заподіяння ран рогами, їх кінці потрібно спилювати.
Особливо слід стежити за вим'ям корови. Навіть невеликі подряпини на ньому є воротами для інфекції, що може спричинити серйозне запалення.